每个玩家初始会有一次选择流派的机会，选定流派后就可以学习该流派的秘技和奥义。《太阁立志2》中一共有11个流派可供玩家选择（分别是：宝藏院流、佐分利流、二天一流、冈吉流、林崎梦想流、柳生新阴流、体舍流、新阴流、香取神道流、严流、一刀流），每个流派中都有6个技能和一个奥义，不同的流派技能有不同的效果。如果玩家想学习其他流派技能，需要在一将讨中去打掉落的残页，合成残页后方可学习其他流派的技能。
玩家通过自己的实际情况，可以任意搭配一个秘技和一个奥义技能，不同搭配不同效果，战斗结果也不尽相同。
| 流 派 | 类 型 | 名 称 | 效 果 |
| 宝藏院流 | 秘技 | 拔突 | 攻击敌方单体，增加本方单体防御力，持续2回合 |
| 秘技 | 卷圈 | 攻击敌方单体，增加本方全体防御力，持续1回合 | |
| 秘技 | 柄返 | 攻击敌方单体，增加本方单体防御力，持续2回合 | |
| 秘技 | 引落 | 攻击敌方单体，增加本方全体防御力，持续1回合 | |
| 秘技 | 粘花 | 攻击敌方单体，增加本方单体防御力，持续2回合 | |
| 秘技 | 龙鸣 | 攻击敌方单体，增加本方全体防御力，持续1回合 | |
| 奥义 | 飞鸟 | 攻击敌方全体；增加本方全体防御力，持续2回合 | |
| 佐分利流 | 秘技 | 十文字 | 攻击敌方单体；本方单体所受伤害减少，持续2回合 |
| 秘技 | 鬼刺 | 攻击敌方单体；本方全体所受伤害减少，持续1回合 | |
| 秘技 | 横投 | 攻击敌方单体；本方单体所受伤害减少，持续2回合 | |
| 秘技 | 秘枪 | 攻击敌方单体；本方全体所受伤害减少，持续1回合 | |
| 秘技 | 泷落 | 攻击敌方单体；本方单体所受伤害减少，持续2回合 | |
| 秘技 | 断空 | 攻击敌方单体；本方全体所受伤害减少，持续1回合 | |
| 奥义 | 岚 | 攻击敌方全体；本方全体所受伤害减少，持续2回合 | |
| 二天一流 | 秘技 | 二刀流 | 攻击敌方单体；增加本方单体会心几率，本方单体会心效果，持续2回合 |
| 秘技 | 双妙斩 | 攻击敌方单体；增加本方全体会心几率，本方全体会心效果，持续1回合 | |
| 秘技 | 暗影双斩 | 攻击敌方单体；增加本方单体会心几率，本方单体会心效果，持续2回合 | |
| 秘技 | 双龙闪 | 攻击敌方单体；增加本方全体会心几率，本方全体会心效果，持续1回合 | |
| 秘技 | 双十月风斩 | 攻击敌方单体；增加本方单体会心几率，本方单体会心效果，持续2回合 | |
| 秘技 | 一太刀 | 攻击敌方单体；增加本方全体会心几率，本方全体会心效果，持续1回合 | |
| 奥义 | 虎振 | 攻击敌方全体；增加本方全体会心几率，持续2回合 | |
| 吉冈流 | 秘技 | 肋一寸 | 攻击敌方单体；降低敌方单体攻击力，持续2回合 |
| 秘技 | 天狗抄 | 攻击敌方单体；降低敌方全体攻击力，持续1回合 | |
| 秘技 | 月白 | 攻击敌方单体；降低敌方单体攻击力，持续2回合 | |
| 秘技 | 月神刀 | 攻击敌方单体；降低敌方全体攻击力，持续1回合 | |
| 秘技 | 镜花水月 | 攻击敌方单体；降低敌方单体攻击力，持续2回合 | |
| 秘技 | 流刃若火 | 攻击敌方单体；降低敌方全体攻击力，持续1回合 | |
| 奥义 | 霞 | 攻击敌方全体；降低敌方全体攻击力，持续2回合 | |
| 林崎梦想流 | 秘技 | 牙突 | 攻击敌方单体；增加本方单体闪避，持续2回合 |
| 秘技 | 狼牙 | 攻击敌方单体；增加本方全体闪避，持续1回合 | |
| 秘技 | 零闪 | 攻击敌方单体；增加本方单体闪避，持续2回合 | |
| 秘技 | 卍字拔 | 攻击敌方单体；增加本方全体闪避，持续1回合 | |
| 秘技 | 薄刀开眼 | 攻击敌方单体；增加本方单体闪避，持续2回合 | |
| 秘技 | 千本樱 | 攻击敌方单体；增加本方全体闪避，持续1回合 | |
| 奥义 | 天绝凄煌斩 | 攻击敌方全体；增加本方全体闪避，持续2回合 | |
| 柳生新阴流 | 秘技 | 虚斩 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力，持续2回合 |
| 秘技 | 浪返 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力，持续1回合 | |
| 秘技 | 月影 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力，持续2回合 | |
| 秘技 | 浮舟 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力，持续1回合 | |
| 秘技 | 断罪 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力，持续2回合 | |
| 秘技 | 回天 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力，持续1回合 | |
| 奥义 | 无刀取 | 攻击敌方全体；本方全体攻击力，持续2回合 | |
| 体舍流 | 秘技 | 拔刀斩 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击伤害，持续2回合 |
| 秘技 | 居合斩 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击伤害，持续1回合 | |
| 秘技 | 一刀两断 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击伤害，持续2回合 | |
| 秘技 | 不动斩 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击伤害，持续1回合 | |
| 秘技 | 飞龙斩 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击伤害，持续2回合 | |
| 秘技 | 逆转梦斩 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击伤害，持续1回合 | |
| 奥义 | 地旋风裂斩 | 攻击敌方全体，增加本方全体攻击伤害，持续2回合 | |
| 新阴流 | 秘技 | 速迟剑 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力 |
| 秘技 | 独妙剑 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力 | |
| 秘技 | 绝妙剑 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力 | |
| 秘技 | 活人剑 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力 | |
| 秘技 | 神妙剑 | 攻击敌方单体，增加本方单体攻击力 | |
| 秘技 | 梦想剑 | 攻击敌方单体，增加本方全体攻击力 | |
| 奥义 | 转 | 攻击敌方全体；增加本方单体攻击力 | |
| 香取神道流 | 秘技 | 切落 | 攻击敌方全体，增加本方单体无视闪避几率，持续2回合 |
| 秘技 | 连续斩 | 攻击敌方全体，增加本方全体无视闪避几率，持续1回合 | |
| 秘技 | 半月 | 攻击敌方全体，增加本方单体无视闪避几率，持续3回合 | |
| 秘技 | 一之太刀 | 攻击敌方全体，增加本方全体无视闪避几率，持2回合 | |
| 秘技 | 拂舍刀 | 攻击敌方全体，增加本方单体无视闪避几率，持续4回合 | |
| 秘技 | 千刀巡 | 攻击敌方全体，增加本方全体无视闪避几率，持续3回合 | |
| 奥义 | 天霸封神斩 | 攻击敌方全体，增加本方全体无视闪避几率，持续4回合 | |
| 严流 | 秘技 | 切利 | 攻击敌方单体；降低敌方单体防御力，持续2回合。 |
| 秘技 | 连斩 | 攻击敌方单体；降低敌方全体防御力，持续1回合。 | |
| 秘技 | 逆鳞探 | 攻击敌方单体；降低敌方单体防御力，持续2回合。 | |
| 秘技 | 二人悬 | 攻击敌方单体；降低敌方全体防御力，持续1回合。 | |
| 秘技 | 飞燕六连斩 | 攻击敌方单体；降低敌方单体防御力，持续2回合。 | |
| 秘技 | 无二剑 | 攻击敌方单体；降低敌方全体防御力，持续1回合。 | |
| 奥义 | 燕返 | 攻击敌方全体；降低敌方单体点防御力，持续2回合。 | |
| 一刀流 | 秘技 | 强袭 | 攻击敌方单体；增加本方单体奥义触发几率，持续2回合 |
| 秘技 | 涡刀 | 攻击敌方单体；增加本方全体奥义触发几率，持续1回合 | |
| 秘技 | 舍拔刀 | 攻击敌方单体；增加本方单体奥义触发几率，持续2回合 | |
| 秘技 | 相雷刀 | 攻击敌方单体；增加本方全体奥义触发几率，持续1回合 | |
| 秘技 | 八神太刀 | 攻击敌方单体；增加本方单体奥义触发几率，持续2回合 | |
| 秘技 | 不生不杀 | 攻击敌方单体；增加本方全体奥义触发几率，持续1回合 | |
| 奥义 | 金翅鸟王剑 |
攻击敌方全体；增加本方全体奥义触发几率，持续2回合 |